Medrese, Müslüman ülkelerde orta ve yüksek öğretimin yapıldığı eğitim kurumlarının genel adı. Medrese kelimesi Arapça ders kökünden gelir. Medreselerde ders verenlere müderris denir.

Üç Şerefeli'nin kuzeyinde ve bitişiğinde iki ünlü tarihi medrese bulunmaktadır. Bunlardan Peykler Medresesini Fatih Sultan Mehmet yaptırmıştı.

Türk tarihinde önemli ve saygın bir yeri bulunan İbni Kemal burada öğrenim görmüştür. Eski Medrese Binası onarılmış olup başka hizmetlerde kullanılmaktadır.

Sultan II.Beyazıt’ın (1447-1512) 1484-1488 yıllarında Akkirman Savaşı’nın ganimetleri ile yaptırdığı Beyazıt Külliyesinin bir bölümü olan Sultan II.Beyazıt Tıp Medresesi Edirne Tunca Nehri yanındadır.
Dikdörtgen planlı medresenin revaklı avlusunun çevresinde 18 oda, girişin karşısına gelen yerde de büyük kubbeli, dışarı taşkın bir dershanesi bulunmaktadır. Kesme taş yapılan medresenin duvarlarında tuğla frizler bulunmaktadır. İki uzun kenarda kubbe ile örtülü yedişer hücre bulunmaktadır. Medrese duvarları iki sıra halinde pencerelerle aydınlatılmıştır. Bunlardan alt sıradakiler dikdörtgen, üst sıradakiler de yuvarlak alçı şebekelidir.

Edirne, Üç Şerefeli Cami’nin ve Peykler Medresesinin yanında bulunan Saatli Medrese Sultan II.Murat zamanında 1437-1447 yıllarında yapılmıştır.
Avlulu medreseler gurubundan olan medresenin çevresinde medrese hücreleri sıralanmıştır. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından onarılmaktadır.